uklid orphanu po retired llm-wiki + korekce reportu o wiki indexaci

results/2026-09-18_wiki-indexace-vysetreni.md

@@ -1,5 +1,64 @@
 # Wiki indexace — výsledky šetření
 
+> **KOREKCE 2026-09-18 17:52:10 — původní šetření níže je ve třech nálezech nesprávné.**
+> Text se ponechává jako stopa po chybné analýze. Platí to, co je v této sekci.
+
+## Korekce
+
+### Indexace wiki funguje
+`wiki_sync.log` v 17:07 hlásí `workspace: indexed 1 files (3 chunks), deleted 0` a
+`done files=197 chunks=789 vectors=789 pending=0 embedded=3`. `wiki/index.sqlite` má
+mtime 2026-09-18 17:07. Původní report vznikl v 17:06 — **minutu předtím, než běh doběhl**.
+Git zdroje (`index`, `travel`, `wood-ng`) souhlasí s remote HEAD, `git ls-remote` i
+embedding endpoint `nvidia.hell:11434` odpovídají v řádu ms.
+
+### Root cause je výpadek serveru, ne skill
+Všechny crony ustaly **naráz** 2026-09-17 v 19:13 a vrátily se 2026-09-18 ve 14:40 —
+`wiki_sync.log` i `ollama_usage_cron.log` končí na stejné minutě. To sedí na pád
+virtualizačního hostu. Žádná indexace mezitím neběžela, protože neběželo nic.
+
+### Stale lock BYL (původní nález 3 je vyvrácen neprávem)
+`wiki_sync.log`: `2026-09-18T14:40:37+02:00 WARN stale lock, reclaiming`. Lock je
+`wiki/.sync.lock` (`STALE_SECONDS = 30 min`, viz `skills/wiki/scripts/wiki_sync.py`), ne
+`triggers/.lock` ani `unlock.sh` — ty s wiki nesouvisí a hledaly se špatně. Lock byl
+pozůstatek po běhu zabitém pádem hostu a první porebootový běh ho korektně uklidil.
+
+### `wiki-compile` není přejmenovaný `llm-wiki`
+`wiki-compile/SKILL.md` sám odkazuje „*that is capture-only (see llm-wiki skill)*" —
+byl to **sourozenec** llm-wiki, ne rename. Obsahoval jen `SKILL.md`, žádné skripty.
+
+### Rozbitý cron byl orphan, ne příčina
+Retirement `llm-wiki` proběhl korektně (zálohy `backup/skills/llm-wiki/`,
+`backup/workspace/cml/`), jen se zapomněl řádek v crontabu. Se skillem `wiki` nesdílel
+**nic** — jiná DB, jiný log, jiný lock, jiný adresář. Nemohl indexaci blokovat.
+
+**Pozor na tři nesouvisející věci sdílející slovo „wiki":**
+
+| | živé | retired |
+|---|---|---|
+| skill `wiki` (hybrid RAG) | `wiki/index.sqlite`, `log/wiki_sync.log` | — |
+| `llm-wiki` (PoC LLM-kurátorovaná wiki) | — | `backup/skills/llm-wiki/`, `backup/workspace/cml/` |
+| `wiki-compile` (drain pro llm-wiki) | — | `backup/skills/wiki-compile/` |
+
+### `db/wiki.sqlite` byl orphan
+Grep přes celý workspace nenašel **žádnou** referenci kromě tohoto reportu. 0 bajtů, smazán.
+
+### Co se opravilo (2026-09-18)
+- crontab uživatele `nanobot`: odstraněn mrtvý `wiki-compile` job (zbývá 6 jobů)
+- `log/wiki_compile_cron.log` (2,1 MB) + `log/wiki_compile_manual.log` → `backup/*.retired`
+- `skills/wiki-compile/` → `backup/skills/wiki-compile/`
+- `db/wiki.sqlite` (0 B) smazán
+
+### Zbývá prověřit
+Běh, který ve 14:40 přebral stale lock, doběhl až v 17:07 — **2 h 27 min** na jeden
+zaindexovaný soubor. Hypotéza: `git fetch` nemá timeout (na rozdíl od `ls-remote`, který má
+20 s) a po rebootu visel na nedostupné síti. Přesně scénář, před kterým varuje komentář
+v `wiki_sync.py`. Neakutní — síť i endpointy teď odpovídají normálně.
+
+---
+
+## Původní šetření (nesprávné — viz korekce výše)
+
 ## Souhrn
 Poslední úspěšná wiki indexace proběhla **2026-09-17 18:50** (mtime `wiki/index.sqlite`, 7.3 MB).
 Od přejmenování skillu `llm-wiki` → `wiki-compile` jede kompilační cron job nasucho a loguje chybu `No such file or directory`. Žádný stale lock na wiki nezůstal.

skills/wiki-compile/SKILL.md

@@ -1,99 +0,0 @@
----
-name: wiki-compile
-description: >
-  Idempotent wiki source compilation — drain pending raw sources into the wiki.
-  Use when the cron drain goal fires or the user explicitly says "compile now" / "zkompiluj".
-  Handles duplicate detection, ambiguous sources, idempotent skip, and graph regeneration.
-  Do NOT trigger on a plain "add this to my wiki" request — that is capture-only (see llm-wiki skill).
----
-
-# Wiki Compile
-
-Idempotent compile of pending raw sources into the LLM wiki. Runs as a background drain (cron) or on explicit user request ("compile now" / "hned").
-
-## When to use
-
-- Cron drain goal fires (background batch compile)
-- User explicitly requests synchronous compile ("compile now", "zkompiluj wiki", "do it now")
-- **NOT** for plain "add this" / "save this" requests — those are capture-only (write to `cml/raw/`, stop)
-
-## Prerequisites
-
-- Wiki must be initialized (`cml/wiki/SCHEMA.md` exists)
-- Read `SCHEMA.md` first — it defines page types, naming rules, and ingest customizations
-- Read `index.md` to know what pages already exist
-
-## Steps
-
-### 1. List pending sources
-
-Scan `cml/raw/` for regular `.md` files (ignore `_done/`, `_hard/`, `assets/` subdirectories).
-
-If empty → nothing to do, stop.
-
-### 2. Batch all pending sources
-
-Process **all** pending sources in one batch — one index/graph update for many sources is more efficient than one-by-one.
-
-### 3. For each source, check idempotency
-
-Read the source slug from the filename (e.g., `cml/raw/my-source.md` → slug `my-source`).
-
-Check if `cml/wiki/sources/<slug>.md` already exists:
-- **Exists** → already compiled. Move `cml/raw/<slug>.md` to `cml/raw/_done/`, skip re-processing, log "skip (already compiled)".
-- **Does not exist** → proceed to duplicate check.
-
-### 4. Duplicate URL detection
-
-If the source content is a URL (single-line URL or frontmatter `url:` field), check whether any existing source page in `cml/wiki/sources/` already references that same URL:
-- **Duplicate found** → move the raw file to `cml/raw/_hard/`, append entry to `log.md` noting "duplicate URL — same as <existing-slug>", skip compilation.
-- **No duplicate** → proceed to ambiguous/conflict check.
-
-### 5. Ambiguous / conflicting source check
-
-If the source content is unclear, contradictory, or cannot be reliably summarized (e.g., garbled text, empty content, conflicting metadata):
-- Move to `cml/raw/_hard/`
-- Append entry to `log.md` with reason (e.g., "ambiguous — garbled content", "conflicting — title mismatch")
-- Skip compilation
-
-### 6. Compile the source
-
-Follow the standard ingest workflow (see `references/ingest-workflow.md` in the llm-wiki skill):
-
-1. Read the source (chunked if large)
-2. Write a source-summary page at `cml/wiki/sources/<slug>.md` with full frontmatter and citations
-3. Identify existing entity/concept pages this source touches → surgically update relevant sections
-4. Create new entity/concept pages for novel topics, linking from related pages
-5. Update `index.md` (or relevant shard) with new pages
-6. Append a single line to `log.md`: date, operation, source title
-
-### 7. Move processed source
-
-After successful compilation, move `cml/raw/<slug>.md` to `cml/raw/_done/`.
-
-**Every source must leave `cml/raw/`** — either `_done/` (success/skip) or `_hard/` (held back). Never leave a source in the inbox after processing.
-
-### 8. Regenerate graph (if applicable)
-
-If the wiki has a graph layer (`cml/wiki/graph/ontology.yaml` exists) and this batch added any pages with `graph:` frontmatter metadata:
-
-```bash
-uv run skills/llm-wiki/scripts/wiki_graph_lint.py cml/wiki/
-uv run skills/llm-wiki/scripts/wiki_graph_extract.py cml/wiki/
-```
-
-If no graph layer exists, skip this step entirely.
-
-### 9. Summary
-
-Report what happened in one concise line, e.g.:
-- "Compiled 3 sources, skipped 1 (already done), held 1 (duplicate URL)."
-- "Nothing to compile — inbox empty."
-
-## Key rules
-
-- **Idempotent**: re-running on the same source is a no-op (skip + move to `_done/`)
-- **No force-compiling ambiguous sources**: move to `_hard/` and log why
-- **Batch efficiency**: one index update + one graph regeneration per batch, not per source
-- **Graph scripts require wrapper**: if workspace safety guard blocks direct execution, write a `tmp/` wrapper script using `uv run --script` with inline dependency metadata
-- **Language**: wiki content is in Czech; compile output and log entries may be in English for consistency with existing logs